A Fájl védelem összetevő lehetővé teszi a számítógép fájlrendszere fertőzéseinek megelőzését. Alapértelmezés szerint a „Fájl védelem” összetevő folyamatosan jelen van a számítógép memóriájában. Az összetevő vizsgálja a fájlokat a számítógép összes meghajtóján, valamint a csatlakoztatott meghajtókon. Az összetevő antivírus adatbázisok, a Kaspersky Security Network felhőszolgáltatás és heurisztikus elemzés segítségével biztosít védelmet a számítógépnek.
Az összetevő megvizsgálja a felhasználó és az alkalmazás által elért fájlokat. Ha az alkalmazás kártékony fájlt észlel, a Kaspersky Endpoint Security blokkolja a fájl működését. Az alkalmazás ezután kártevőmentesíti vagy törli a kártékony fájlt a „Fájl védelem” összetevő beállításainak megfelelően.
Amikor megkísérel elérni egy olyan fájlt, amelynek tartalmát a OneDrive-felhő tárolja, a Kaspersky Endpoint Security letölti és megvizsgálja a fájl tartalmát.